Periodo de los Caballeros
n 1309 la isla fue vendida a la Orden de los Caballeros Hospitalarias de San Juan de Jerusalem. La Orden fue establecida en el siglo XII en Jerusalem con el propósito de asistir a peregrinos y cruzados pero rápidamente se transformaron en una unidad de combate adquiriendo vastos espacios de tierra.
Habiéndose retirado de Jerusalem y de CHipre, la Orden estableció su cuartel central en Rodas, teniendo un papel fundamental en el Mediterráneo Oriental en esos tiempos.
Durante la era de los Caballeros, se extendieron y modernizaron las fortificaciones y continuamente se reforzaron. Un hospital, un palacio y varias iglesias así como varios edificios públicos fueron construidos en esos tiempos, ofreciendo interesantes ejemplos de arquitectura Gótica y Renacentista. A pesar de las hostilidades con el Imperio Otomano, el comercio marítimo fue la fuente de crecimiento del comercio de la ciudad que prosperaba. Bajo la administración de los Caballeros, la isla tuvo un período de prosperidad y las relaciones entre ellos y la población se caracterizó por la tolerancia y colaboración mutua. La mayoría de las calles de la zona Medieval corresponden a aquellas de la ciudad vieja. La división del área en dos partes fue mantenida por la Orden en Rodas manteniendo un archivo bien organizado que incluye documentos emitidos por las autoridades, correspondencia, actos notariales, etc. El archivo puede encontrarse hoy en la Biblioteca Nacional de Malta y constituye una fuente invalorable de información de ese período.
La ciudad fue dividida en dos partes por una pared interior. La parte Norte conocida como Chastel, Chateau, Castrum, Castellum o Conventus, fue el lugar donde se asentó el Palacio del Grand Master, la Iglesia de los Caballeros, la Catedral Latina, la residencia del Obispo Católico, las distintas zonas por "lengua" o "idioma", las casas de los Caballeros, un hospital, etc.
La parte Sur, conocida como la villa, ville, burgus o burgum, era el área donde residían los laicos e incluían al mercado, las sinagogas, iglesias y los edificios públicos y comerciales.